Утвердив свою власть как имама в 1834 г. Шамиль стал лидером значительной части населения Кавказа в борьбе против России. Он пытался отчасти повторять тактику русских войск, строя новые укрепления, занимая важные в стратегическом отношении населённые пункты. При этом порой Шамиль мог идти на соглашение с Россией, получая тем самым необходимую передышку.

Можно говорить о трёх главных направлениях действий российских войск. На Западне на черноморском побережье Кавказа продолжался курс на строительство новых укреплений, которые позволили бы полностью контролировать береговую линию. Особо стоит отметить основание в 1838 г. крепости Новороссийская. Строительство новой черноморской береговой лини встречало ожесточённое сопротивление черкесов, которым удавалось захватывать отдельные укрепления русских войск. Лишь к 1841 г. все крепости на линии были полностью восстановлены.

Продолжалось закрепление русских войск в Дагестане, что обеспечивалось также строительством укреплений. На центральном участке фронта русская армия под командованием генерала П. Х. Граббе действовала против главных сил Шамиля. В 1839 г. Им удалось овладеть хорошо укреплённым аулом Ахульго, но Шамилю удалось бежать и поднять новое восстание, охватившее всю территорию Чечни. Численность войск и территория, находившиеся под контролем Шамиля, быстро увеличивались, что позволяло ему предпринимать успешные наступательные операции, в которых под угрозу был поставлен Моздок.

В 1841 г. под воздействием успехов Шамиля антироссийское восстание вспыхнуло и в Аварии, быстро подавить его не удалось. Однако не удалась и попытка Шамиля овладеть южным Дагестаном. Одним из самых неудачных в военном плане для российской армии стоит признать 1842 г., когда она потерпела поражение в Ичкеринском лесу. Русские войска понесли тяжёлые потери, вынуждены были оставить врагу несколько артиллерийских орудий и почти все боеприпасы.

Под влиянием этой неудачи военный министр А. И. Чернышёв посчитал, что России стоит в ближайшее время ограничиться только обороной своих позиций. Это внушило Шамилю ещё большую уверенность в своих силах, и он в течении нескольких следующих лет предпринимал удачные атаки на русские укрепления. Некоторые из них были захвачены, что отрезало от основной российской территории те горские общества, которые ранее принесли присягу России.

Определённый перелом в ходе военных действий начался только в 1844 году. Шамиль потерпел поражение у села Андреево. Его союзники в Дагестане также не смогли сдержать натиск русских войск. В результате этого под контроль России перешёл Даргинский округ, откуда было организовано переселение наиболее нелояльной части жителей. В этом же году новым командующим русской армией на Кавказе был назначен М. С. Воронцов, что ознаменовало переход к более активным действиям.

В 1845 г. начался Даргинский поход, в ходе которого несколько крупных отрядов русских войск, один из которых возглавил сам главнокомандующий, вторглись на территорию имамата. Главной целью похода был захват аула Дарго, который являлся ставкой Шамиля. Впоследствии каждая из сторон заявляла о своей победе. Стоит признать, что в стратегическом плане действия российских войск оказались скорее неудачными. Им удалось захватить Дарго, но они не смогли в нём закрепиться. Вскоре армия вынуждена была начать отступление из-за нехватки продовольствия, при этом подвергалась постоянным нападениям горцев, потери русский войск оказались весьма высоки.

Характерно, что эту экспедицию довольно критически оценивал А. П. Ермолов. В своём письме Н. Н. Муравьёву, он указывал, что большинство победных реляций не соответствуют действительности. Относительно планов о взятии Дарго отставной генерал отмечал:

Военные действий на правом и левом фланге были более удачными. Горцам не удалось овладеть русскими укреплениями на побережьях Каспия и Чёрного моря. Впоследствии ставка вновь была сделана скорее не на масштабные экспедиции, а на тактику постепенного выдавливания отрядов непокорных горцев, строительство новых укреплений, вырубку просек. Оборонительные линии постепенно сдвигались, Россия стремилась установить контроль за наиболее выгодными в экономическом плане территориями. Шамиль, понимая, что в длительной перспективе такой ход войны ему невыгоден, вынужден был продолжать атаки на российские укрепления. Однако серьёзных успехов в этом ему добиться не удавалось.

Новый командующий А. И. Барятинский продолжал прежнюю тактику, вынуждая горцев переселяться на открытые равнины, где они находились бы под постоянным контролем. Для укрепления позиций России основывались новые казачьи станицы.

На черноморском побережье важное значение имело установление контроля над Гаграми, что позволило полностью защитить территорию Абхазии от набегов черкесов. В 1858 г. русские войска продвигались вдоль течения реки Аргун, было построено новое укрепление. В следующем году штурмом был взят аул Ведено, в котором была резиденция Шамиля. После этого окружение отрядов Шамиля стало лишь вопросом времени. Местом последнего боя Шамиля стал аул Гуниб, где он сопротивлялся русской армии во главе отряда всего в 500 человек. Понимая безнадёжность своего положения, имам предпочёл сдаться генералу Барятинскому.

Хотя это событие имело большое военное и ещё большее идеологическое значение, военные действия на Кавказе продолжались ещё несколько лет. Несколько сторонников Шамиля в 1860 г. сумели организовать в Чечне новое восстание и нанести поражение крупному отряду российских войск у селения Пхачу. В следующем году на мятежную территорию двинулись 3 отдельных колонны русских войск. Применялась уже привычная тактика, в ходе которой отдалённые горные аулы разрушались, а их жители переселялись на равнину. В феврале 1861 г. мятежники были разгромлены у села Байсонгур.

После покорения Чечни последним очагом сопротивления России продолжала оставаться Черкесия, чьё значение в геополитическом плане было велико благодаря возможности выхода к морю и опасности налаживания связи с потенциальными противниками Российской империи. Во многом в Черкесии русское командование намеревалось использовать тактику, которая показала свою результативность в Чечне. Племена черкесов должны были либо согласиться переселиться на равнины под контроль государственной администрации, либо их вытесняли в горы, где невозможно было полноценно вести хозяйство. При этом прежние территории черкесов занимались казачьими станицами. Отличие от Чечни заключалось в том, что одним из вариантов было оттеснение черкесов к морскому побережью, что также должно было принудить их либо к капитуляции, либо к переселению в Турцию.

Черкесы стремились преодолеть племенное разделение, координировать свои действия. Они вновь попытались использовать и дипломатические средства борьбы, обратившись с просьбами о помощи к ряду европейских держав. Однако те не были склонны рисковать конфликтом с Россией. С 1862 г. в Черкесии начались активные боевые действия русских войск, прорубались новые просеки, аулы вынуждали к переселению. Более 90 аулов согласились на предложенные им условия.

К 1863 г. независимые племена шапсугов и убыхов оказались сосредоточены на узкой полосе между морским побережьем и горными хребтами. В этих условиях черкесские старейшины вынуждены были подписать соглашение, по которому желающие принимали российское подданство, остальные должны были в течении трёх месяцев переселиться в Турцию. Символом окончания кавказской войны можно считать благодарственный молебен, который был отслужен по случаю победы 21 мая 1864 года[16]. Хотя в XIX в. произойдёт ещё одно массовое восстание в Чечне, приуроченное к очередной русско-турецкой войне в 1877-8178 гг. можно было говорить о том, что начался процесс уже мирной интеграции Кавказа и Закавказья в состав Российской империи.